1963~1964赛季，虽然国际米兰队在联赛中卫冕失败,但是在欧洲冠军杯赛中，该队却是一路过关斩将，高歌猛进，闯入最后的决赛。在维也纳，面对昔日冠军杯赛的霸主、老牌劲旅西班牙皇家马德里队咄咄逼人之势，国际米兰队依靠名将亚里桑德罗·马佐拉、路易辛托·苏亚雷斯和吉亚辛托·法切蒂的出色表现以3：1力挫对手，首次捧得欧洲冠军杯赛的冠军奖杯并获得洲际杯赛的参赛权。1964年9月9日，洲际杯赛的第一回合在阿根廷的布宜诺斯艾利斯举行，由于首次参加洲际杯赛，而且南美洲炎热的天气使得国际米兰队以0：1小负于对手阿根廷独立队，但是在9月23日米兰举行的第二回合比赛中，国际米兰队轻松地以2：0取胜对手，打出了新科欧洲状元的威风和气势。1964年9月26日，国际米兰队在重赛中以1：0击败独立队而登上了洲际杯赛冠军的领奖台。
虽然夺得了欧洲冠军杯和洲际杯，但是国际米兰队却仍无满足的意思。在1964~1965赛季中，国际米兰队又一次如愿以偿地夺回了上赛季丢失的甲级联赛的冠军奖杯。与此同时，该队在欧洲冠军杯赛中蝉联冠军。在稍后举行的洲际杯赛上，国际米兰队以两战3：0再一次击败阿根廷独立队夺得冠军，令阿根廷人只能望洲际杯兴叹，无可奈何。翌年，国际米兰队在萨蒂、伯尼奇、贝丁、皮奇、苏亚雷斯、马佐拉和教头赫雷拉齐心协力下，在联赛中卫冕成功。
1966~1967赛季，国际米兰队在甲级联赛和欧洲冠军杯赛上全力出击，力图重现1964~1965赛季“三冠王”的辉煌，最后终于力不从心而屈居尤文图斯队和苏格兰凯尔特人队（冠军杯赛）之后，获得两个亚军称号。在1970~1971赛季夺得甲级联赛冠军之后，国际米兰队进入了由新老交替带来的45年低谷之中。
20世纪70年代末期，随着一批新秀的成长，在夺得1977~1978赛季足协杯赛冠军后，国际米兰队又于1979~1980赛季登上了久违9年的甲级联赛的冠军宝座，当时队中的主力前锋是射进15个球的国家队球员亚历桑德罗·阿尔托贝利。
为了能进一步地称雄意大利乃至世界足坛，1986年，国际米兰俱乐部主席埃尔内斯托·佩莱格里尼从尤文图斯队请来了著名的“金牌教练”吉奥瓦尼·特拉帕托尼。上任后，特拉帕托尼教练又相继从德国买来了著名的“三驾马车”——马特乌斯、布雷默、克林斯曼，三名德国外援的加盟使国际米兰队的整体实力大增，1988~1989赛季，该队以26胜6平2负积分58分夺冠，这么高的积分既前无古人，也可能是后无来者了。1989年，国际米兰队又轻松地战胜足协杯赛冠军得主桑普多利亚队，历史上第一次获得意大利超级杯赛冠军。
20世纪90年代，国际米兰队除了夺取3次欧洲联盟杯赛冠军外，在1993~1994赛季的甲级联赛上仅获第13名，险些降级。1994~1995赛季中期，“石油大王”马西莫·莫拉蒂开始掌握国际米兰俱乐部的大权，因为他不忍心看着自己父亲安吉洛·莫拉蒂一手带向辉煌的国际米兰队落魄到如此地步。
自莫拉蒂成为国际米兰俱乐部主席之后，他没有找对一位主教练，这也是国际米兰难以再建辉煌的原因之一。从霍奇森、西蒙尼到后来的卢切斯库和卡斯特里尼，这些不知名的教练似乎都无法控制队中自那些大牌明星，而功勋卓著的里皮则被认为是唯一能胜任国际米兰主教练的人选，但是他在购入了大批球星之后仍然没有为国际米兰赢得冠军，这也使得20世纪90年代的国际米兰只得到了3个联盟杯冠军。
2007年4月22日，2006/07赛季，国际米兰在客场2：1击败锡耶纳后提前5轮拿下俱乐部历史上第15座联赛冠军！最终，国际米兰在这个辉煌的赛季创下一连串令人匪夷所思的意甲新记录：联赛17连胜、客场15胜、30场胜利、积97分。
2008年5月18日，意甲最后1轮，国际米兰客场2比0击败帕尔马，夺得本队历史上第16个意甲冠军。
2008年6月2日，国际米兰足球俱乐部宣布何塞·穆里尼奥来到俱乐部。葡萄牙主教练已经签订了一份3年的合同，成为了意大利冠军的新任主教练，与他合作的是鲁伊-法里亚斯、西尔维诺和安德列-维拉斯-博亚斯。
2009年5月31日，国际米兰在主场4：3逆转击败亚特兰大，以25胜9平4负积84分，领先第二名10分的战绩，获得了俱乐部历史上第17座联赛冠军。